Πρόκειται για ένα μοναδικό τοπίο που περιλαμβάνει παραλιακό υγρότοπο, παραλιακό δάσος χαλεπίου πεύκης και κουκουναριάς, αμμοθίνες και αμμώδη παραλία, δύο λιμνοπηγές (Μικρή και Μεγάλη Μακαρία) με ρέον γλυκό νερό σε μεγάλη ποσότητα, λόφο με θαμνώδη βλάστηση και την επιμήκη χερσόνησο Κυνόσουρα η οποία είναι πολύ δύσβατη, καλύπτεται από πυκνή μακία και την άνοιξη γεμίζει αγριολούλουδα. Η περιοχή αποτελεί χώρο αναψυχής (θαλάσσια μπάνια) για χιλιάδες κατοίκους της Αττικής. Το έλος έχει μερικώς αποστραγγιστεί τη δεκαετία του ΄20. Στην περιοχή έχουν κτιστεί μερικά σπίτια και υπάρχουν έντονες οικιστικές πιέσεις. Από το 2000 η περιοχή έχει κηρυχθεί σε Εθνικό Πάρκο περιλαμβάνοντας και το Ολυμπιακό κωπηλατοδρόμιο (Ζώνη Β) το οποίο χρησιμοποιεί το νερό της Μακαρίας ενώ το περίσευμα του νερού παροχετεύεται στο έλος.

Η περιοχή υπήρξε μέρος του πεδίου της μάχης του Μαραθώνα. Στη δεκαετία του '20 το νερό της πηγής παροχετεύτηκε στη θάλασσα, με αποτέλεσμα τη μερική αποστράγγιση του έλους. Τις τελευταίες δεκαετίες υπάρχει οικιστική ανάπτυξη και σχετικές πιέσεις στην ευρύτερη περιοχή. Επίσης είχαν εγκατασταθεί στρατιωτικές δραστηριότητες που υποβάθμιζουν αλλά εν μέρει προστάτευαν το τοπίο. Σήμερα έχουν απομακρυνθεί κάποιες κεραίες και το παλιό μικρό αεροδρόμιο.Το κωπηλατοδρόμιο συμβάλλει στην αναβάθμιση της περιοχής ως υγρότοπου ενώ τον χειμώνα συγκεντρώνονται πολλά υδρόβια πουλιά.

Κατά μήκος του δάσους και μέσα στο έλος υπάρχουν χωματόδρομοι. Επίσης κατά μήκος της Κυνόσουρας υπάρχει δύσβατο μονοπάτι.

Αποτελεί σημαντικό βιότοπο. Υπάρχει ενδημικό φυτό της Αττικής, τοπικό ενδημικό ψάρι και πολλά απειλούμενα είδη πουλιών. Το πηγαίο νερό και ο βάλτος είναι σπάνια ενδιαιτήματα. Ο θαμνότοπος της Κυνόσουρας αποτελεί ωραίο μεσογειακό οικοσύστημα και βρίσκεται σε εξαίρετη φυσική κατάσταση. Σπάνιος τύπος παραθαλάσσιου δάσους για την Ελλάδα και τη Μεσόγειο.

Μεγάλος κίνδυνος πυρκαγιάς. Παράνομη αυθαίρετη κατασκήνωση τα Σαββατοκύριακα του καλοκαιριού. Παράνομη απόρριψη σκουπιδιών και μπάζων στον υγρότοπο.