Ο οικισμός οργανώνεται γύρω από μεσαιωνικό κάστρο, που δεσπόζει πάνω σε λόφο στους πρόποδες του οποίου υπάρχουν λείψανα αρχαίων οικημάτων (οικοδομικό υλικό απ' αυτά φαίνεται χρησιμοποιημένο σε πολλά σημεία του κάστρου). Τα περιμετρικά σπίτια του κάστρου βλέπουν σε περιφερειακό δρόμο. Κάθετα σ΄αυτόν κλιμακωτοί δρόμοι, ακολουθώντας το ανάγλυφο του εδάφους, φθάνουν στην κεντρική πλατεία με την καθολική εκκλησία και τον κεντρικό πύργο (σύμβολα εκκλησιαστικής και κοσμικής εξουσίας στα οποία οδηγούν περιφερειακά και ακτινωτά οι πορείες). Μοναδικό ίσως φαινόμενο για ελληνικό κάστρο είναι οι εκπαιδευτικές και διοικητικές χρήσεις του, πλην της κατοικίας. Οι εκτός κάστρου συνοικίες έχουν διάταξη κυκλική γύρω από το λόφο με κέντρο και σημείο αναφοράς το κάστρο. Εδώ υπάρχουν πολλές εκκλησίες και ο εμπορικός άξονας που περνά από τις συνοικίες "Αγορά", "Μπούργο" και "Εβριακή" με καταστήματα στα ισόγεια των σπιτιών. Το παραδοσιακό αυτό τμήμα αποτελεί σφιχτό πολεοδομικό σύνολο με ομοιογενή μορφολόγία (λευκά σύνολα γεωμετρικών, διώροφων το πολύ όγκων και πλακόστρωτους ή λιθόστρωτους δρόμους, συχνά δαιδαλώδεις και αδιέξοδους, με έντονες εναλλαγές εντυπώσεων, ξαφνικές μεταβάσεις από φως σε σκιά και αντίθετα, μικρές φυγές και ορατότητες και "στεγασία"). Μπροστά από τη χώρα υπάρχει νησάκι, ενωμένο με αυτήν με στενή λωρίδα γης, με ερείπια αρχαϊκού ναού με εντυπωσιακότερο μέλος ένα θύρωμα, τη λεγόμενη "Πορτάρα".

Το 1207 εγκαθιδρύθηκε η Φράγκικη κυριαρχία στο Αιγαίο με έδρα τη Νάξο. Τότε χτίστηκε το οχυρό κάστρο με περιμετρικούς πύργους. Σταδιακά μέχρι τον 18ο αι. δημιουργούνται οι εκτός του κάστρου συνοικίες.

Η Χώρα, χτισμένη στη θέση της αρχαίας πόλεως, είναι πρωτεύουσα του νησιού. Στο κάστρο (από τα λίγα εξ ολοκλήρου σωζόμενα οικιστικά σύνολα στην Ελλάδα με δομή μεσαιωνικής πόλης) έχουμε ταυτόχρονη δημιουργία τείχους και οικισμού, λόγω στρατηγικής σημασίας, πράγμα σπάνιο. Στη Χώρα διατηρούνται πολλά αρχοντικά με οικόσημα (από τότε που ήταν πρωτεύουσα του Δουκάτου της Νάξου) και παλαιές εκκλησίες (ορθόδοξες και καθολικές). Ο αρχαιολογικός χώρος περιλαμβάνει την αρχαία πόλη της Νάξου, τον προϊστορικό οικισμό της Γκρόττας, το προϊστορικό νεκροταφείο των Απλωμάτων και τα γεωμετρικά-ελληνιστικά νεκροταφεία του Καμινιού.