Το Πυθαγόρειο είναι παραλιακός οικισμός. Η μορφή του οικισμού είναι εκείνη του ακανόνιστου πυκνού πλέγματος. Οι δρόμοι, με μεγάλη ελευθερία, χαράζονται παράλληλα και κάθετα προς τις υψομετρικές καμπύλες. Σπίτια παλιά και καινούργια χτισμένα δίπλα σε λείψανα του παρελθόντος αναπτύσσονται ανάμεσα σε στενά δρομάκια. Στο Πυθαγόρειο υπάρχουν τα ερείπια του φρουρίου της αρχαίας Σάμου.

Είναι χτισμένο πάνω στα ερείπια της αρχαίας Σάμου. Αρχικά το Πυθαγόρειο ήταν επίνειο της Χώρας. Είναι παλιά κωμόπολη, γνωστή άλλοτε και με το όνομα Τηγάνι.

Είναι το πιο τουριστικό μέρος του νησιού. Το λιμάνι συνδέει το Πυθαγόρειο με τα γύρω νησιά και τη Μ. Ασία.